PHASE I : l’Emergence des Mutants
La première phase de jeu s’ouvre avec la création de l’Institut Xavier par Légion, fils de Charles Xavier qui a gardé la personnalité et l’apparence de son père grâce à ses multiples pouvoirs.
Le Club des Damnés, autrefois société occulte, nécrosée et empâtée par la bourgeoisie New-Yorkaise, refait ses armes avec un nouveau Roi Blanc et Reine Noire, assassine ses membres sans ambition. Il lance une recherche des 12 objets mystiques qui représentent le pouvoir du Cercle Intérieur de l’Abstrait.
Magneto, PDG de Avalon Corp, est également, méconnu de tous, le fondateur de la cité souterraine mutante des Morlocks, dont la sinistre milice de Confréristes, perpétue des actes terroristes.
Cette période est entachée par plusieurs décès de parents, et ceux des élèves qui n’étaient pas orphelins le deviennent violemment.
Plusieurs héros tentent de s’établir, mais sans grand succès dans ce monde impitoyable.
En revanche la criminalité prolifère dans les rues de New York.
PHASE II : un Ordre Nouveau
La seconde phase de jeu s’ouvre avec l’invasion de Symbiotes Exolon. Les vraies intentions de ces êtres peu dissemblables de Venom et Carnage sont à découvrir.
Différents gouvernements s’allient avec le SHIELD pour créer Order, une équipe de super-héros payés par le contribuable pour combattre toute menace trop grande pour un héros seul.
Magneto, pour la sécurité des siens, désaffecte les tunnels Morlocks pour aller s’installer avec ses fidèles au Club des Damnés, qu’il a réussi à lutter pour intégrer au dam de ses adversaires intérieurs. Il devient Roi Noir et proclame ses protégés, Hellions.
R&B, Inc. crée son organe de sécurité, la Fantastic Force, pour protéger les intérêts de la société, et plus largement du monde, en méfiance des intrigues politiques auxquelles est liée Order.
D’anciens Confréristes séparatistes réunissent sous leur bannière tout humain ou métahumain qui voudrait exprimer sa rage contre le système pour former l’organisation terroriste Chaos.